生化危机5：惩罚

接续生化危机4：阴阳界|前作片尾的剧情，被保护伞公司所操控的吉儿·范伦廷带领公司所有的特种部队进攻了艾莉丝 (恶灵古堡)|艾莉丝等人所在的「阿卡迪亚号」医疗船，并杀死了船上大部分的倖存者，艾莉丝虽全力反抗，却遭一架坠毁的直升机撞击船身后坠落大海......。

一早，有着艾莉丝样貌的家庭主妇醒来，她和拥有卡洛斯·奥利维拉样貌的丈夫，以及女儿贝琪一同过着平静美满的家庭生活。猝不及防地，一群马吉尼突然袭入他们家并扑咬感染了卡洛斯，艾莉丝则和贝琪奋力逃离家中。在街上她们遇到另一位有着蕾恩样貌的驾驶，她让艾莉丝和贝琪上车以逃离马吉尼的威胁，但不久后三人便遭遇车祸导致车身翻覆。驾驶随之陷入昏迷，艾莉丝只好带着贝琪进入一栋屋子躲藏，艾莉丝确认将贝琪藏至衣柜后，便打算与屋内的马吉尼拼命一搏，最后却遭变被感染的卡洛斯攻击致死。

艾莉丝本尊醒来后，发现自己身处保护伞公司的919号牢房内(一个八角柱体的白色空间)，在视线上方几尺处审问她的人，则是心智已被控制的吉儿。吉儿一贯机械式地重复询问她为何背叛公司及为谁效力，当艾莉丝问及克里斯·雷德菲尔|克里斯、克蕾儿·雷德菲尔|克蕾儿及船上人的下落时，即遭到高频音的惩罚。不久后，基地主电脑及安全系统遭人入侵停摆，艾莉丝则趁此机会换上牢壁弹出抽屉内的装备并逃离牢房。当她逃出长廊后，发现自己竟来到了东京涩谷的街头。为了追捕艾莉丝，吉儿出动保安部队追缉，而安全系统则启动了东京的模拟程式。一时，街上突然湧现许多市民，其中亦包括日本的0号感染者。模拟程式下的感染者开始追杀艾莉丝，数量之多使艾莉丝逃进眼前开启的另一道长廊，并与感染者在长廊内进行搏斗。当更多的感染者蜂拥而至时，长廊另一头的大门突地敞开，艾莉丝别无选择地冲进去。岂料，原本漆黑一片的房间，地板赫然亮起保护伞公司标志，并随着「欢迎来到保护伞公司中央控制室」的语音响起，自地板升起了淌满血迹的控制台和殒命的控制人员。

艾莉丝在控制室里取得了更多的武器，并与前保护伞公司特工艾达·王碰面，倖存的亚伯·威斯卡也通过萤幕告诉了艾莉丝他需要她。威斯克向艾莉丝说明此基地是保护伞公司位于西伯利亚分部的巨大试验场，保护伞公司在冰层底下打造了数座拟真的城市场景，并在其中置入大量复制人，用以模拟T病毒疫情爆发时各城市的情况，藉以销售各国生物武器。基地设施和保安部队(包括吉儿)也由当初控制「大本营」的人工智能「红-{后}-」所控制。威斯克派了以里昂·S·甘乃迪为首的救援部队(成员包括在洛杉矶倖存的卢瑟·韦斯特)由地面通风口进入基地，该部队除了接应艾莉丝并清除基地内障碍外，另一方面，也设置了定时炸弹于两小时后引爆摧毁基地。

艾莉丝与艾达逃出控制室后来到纽约试验场，随即遭遇到两体曾在洛杉矶出现的马吉尼变种「巨斧神」攻击，但两人成功逃离。而里昂的部队来到莫斯科试验场后，却遭到「红-{后}-」派出的苏联马吉尼军团的大量攻击。

艾莉丝与艾达途经郊区试验场时，在屋内发现了死去的复制体艾莉丝(家庭主妇)。艾达此时向艾莉丝说明：由于每场模拟试验皆会死去数百人，所以保护伞公司利用由已死的艾萨克所研发的人体DNA培育复制体，以满足试验场的模拟人数。同时，为了令复制体做出人类的正确情绪反应，也会对复制体植入基本记忆，让复制体时而扮演平民，时而扮演效忠保护伞公司的士兵。这时，躲在屋内的贝琪将艾莉丝误认为自己模拟情境中死去的母亲，艾莉丝知情后则不发一语地抱住了她。

当艾莉丝等人做好出门准备时，却在门口遭遇吉儿的部队(包括复制体卡洛斯、复制体蕾恩及曾在大本营里被削成碎片的复制体詹姆斯)，艾达为了掩护艾莉丝与贝琪逃离而被捕获。随后，艾莉丝与贝琪在莫斯科试验场的地铁站遇到曾营救过复制体艾莉丝（家庭主妇）与贝琪逃离的复制体蕾恩(驾驶)，艾莉丝为了营救里昂的部队便将贝琪暂时讬付给她。片刻后，里昂的部队被困在莫斯科试验场并遭到变种生物「舔食者」攻击，但在艾莉丝的帮助下逃到地铁站。与贝琪会合后，众人穿越试验场地底来到出口电梯，但贝琪却被追上来的「舔食者」抓走，复制体蕾恩(驾驶)则被它重击身亡。艾莉丝决定救回贝琪，里昂等人则留下对付接踵而来的保安部队，而后巴瑞为了掩护其他队员离开而独自殿后，最终因保安部队以被挟持的艾达要胁而遭击毙。

艾莉丝将贝琪救出后来到基地的复制体仓储，贝琪在看到包含艾莉丝样貌在内的许多复制体后充满困惑，并询问眼前的艾莉丝是否为自己的母亲，艾莉丝在回答:「现在是」后，两人便利用艾达的绳索枪逃出。此时，炸弹成功炸毁基地所有的试验场，卡洛斯及其部队全遭海水吞噬，但吉儿和复制体蕾恩察觉异状后，便带着艾达逃离。里昂与卢瑟在炸弹引爆时顺利启动出口电梯，并在半路与艾莉丝和贝琪会合，随后一同驾驶雪地车远离基地。

众人驶经结冰的海面时，被利用潜水艇逃离的吉儿，复制体蕾恩及被挟持的艾达追上。吉儿命令复制体蕾恩向自己身体施打普拉卡寄生虫（遊戏版《恶灵古堡4》中出现的光明教团使用的寄生虫）变成不死之身，并与里昂和卢瑟进行战斗；自己则和艾莉丝展开战斗。经与吉儿一番缠斗后，艾莉丝不堪负荷倒地，此时「红-{后}-」命令吉儿歼灭艾莉丝。就在艾莉丝遭吉儿掐颈双脚离地，将被捲入身后高速转动的雪地车履带之际，她及时扯下吉儿胸前的蜘蛛型心智控制机械，令吉儿不支倒地，并随即拾起枪机击碎了机械蜘蛛使其失去运作。

另一边，复制体蕾恩的一击造成卢瑟骨折及心脏停搏后死亡，里昂亦被打成重伤暂时昏迷。复制体蕾恩仗其不死之身面对艾莉丝显得有恃无恐，吉儿在恢复意识后将枪扔给艾莉丝，艾莉丝则用枪击穿了复制体蕾恩脚下的冰层使其坠入海里，后遭冰层下的感染者拖入深海之中。里昂清醒后救了昏迷的艾达，但艾莉丝此时却因重伤陷入昏迷。

当艾莉丝再度醒来时，发现自己身处一架直升机上。贝琪、里昂、艾达及恢复神智的吉儿坐在自己身边，直升机的目的地是美国华府白宫。随后，艾莉丝在椭圆办公室见到威斯克，但威斯克却再度将T病毒打入艾莉丝的体内，并说明他现在需要以前的她。因为「红-{后}-」决定杀死地球上所有的生物，并向她展示了被复制人、病毒与感染者肆虐的世界！此时在白宫围墙之外，世界已然陷入一片火海......。