凉宫春日的消失

故事发生于文化祭结束后的12月16日，由凉宫春日领导的SOS团决定将在圣诞节举行火锅派对。然而，12月18日阿虚到学校发现，所有的一切发生了巨大的变化。春日以及古泉所在的1年9班完全消失、朝比奈学姐认不出他、朝仓凉子突然出现、长门有希也变成了普通人。没有人知道有关春日和SOS团的任何信息。

但值得庆幸的是，阿虚在活动室里曾经借给他的书中找到了有希留给他的信息。12月19日，世界依旧是如此陌生，阿虚再次去了活动室。稍晚时候，有希邀请阿虚去了她的家，之后阿虚得知这个世界的有希是因为某次办图书卡而与阿虚相识，但这依旧与阿虚的记忆不同。之后朝仓凉子与两人在有希家吃了凉子带来的夜宵。

12月20日，阿虚在谷口话语中意外得知，春日原来并没有消失，她在这个世界就读光阳园学院。于是，阿虚前往光阳园学院。而后，在此与春日、古泉相见。之后阿虚通过约翰·史密斯的这个身份，也就是春日在国一时候与阿虚画了奇怪文字时用的名字，得以让春日相信他。之后在她的协助之下，得以在活动室聚齐SOS团全体，这也就是有希留给他信息中的钥匙。

因为想要回到那个过去，阿虚-{zh-hans:激活;zh-tw:启动;}-了有希在活动室电脑留下的程序。之后，阿虚回到了三年前的七夕，与未来的朝比奈（大）会面，并一同前往有希家中寻求帮助。并在有希手中得到了修正时空的工具，然后他们去往世界被改变的12月18日。他们找到了改变世界的有希，她借助春日的力量改变了世界，但留下了可以选择未来的阿虚。阿虚对自己的选择产生了疑问，如果自己如果什么都不做，世界是正常且平静的。长门为了监视春日、保护阿虚等工作十分劳累了，起心动念想改变世界。但阿虚最终选择向有希注射修正程序，但朝仓凉子突然出现将阿虚刺伤。

在凉子准备结束阿虚生命的紧要关头，他被未来的有希、学姐和自己所救。几天后，他在一所医院醒来，阿虚得知他是因为在楼梯跌落而昏迷不醒的。而后，阿虚与有希单独见了一次面，有希向阿虚透露上级将如何处分她的行为。阿虚告诉有希，如果上级作了处分她的决定，他就要再次联合春日改变现实。