The Alters

在接近这颗未被探索的行星时，奥联公司的采矿飞船遭到未知力量的毁灭性破坏。迫降后，扬·道尔斯基（Jan Dolski）独自醒来，发现团队全员已死。他找到了基地，但由于强烈的干扰，他难以联系到外界求助。一个受到干扰的声音警告他，几天后日出将灼烧到基地所在的位置，因此扬必须让基地具备移动能力。

在探索过程中，扬发现了任务目标提到的巽气，这将让奥联公司优先安排救援行动。声音指示他通过飞船的子宫模块孕育一只成年克隆羊莫莉（Molly）来验证其真伪。确定了巽气的真实性后，声音鼓励扬使用量子计算机，利用计算机扫描的记忆创造自己的分身，通过模拟分歧的人生路径，生成技术员扬。

在技术员扬的帮助下，基地开始移动，通讯恢复。扬了解到声音的主人是太空交通管制员卢卡斯·佩尼亚（Lucas Peña）。卢卡斯承认，创造分身的建议来自他的上司麦克斯韦（Maxwell）。这在伦理上是非法的，但目的是确保得到有可能彻底改变人类社会的巽气。基地在一条无法跨越的熔岩河前停下。扬不得不创造了更多分身来协助自己，包括科学家扬、医生扬、矿工扬和植物学家扬。科学家扬开发了桥梁，使基地得以继续移动。

基地到达下一个地点后，被一个巨大的引力异常阻挡。与此同时，克隆羊莫莉突然死亡。尸检显示莫莉的脑部出现了突变，而这种异常是由巽气的快速孕育引起的。扫描发现所有分身都受到相同影响，死期将至。扬分别向麦克斯韦和前妻莉娜（Lena，奥联公司员工）寻求帮助。麦克斯韦建议创造一个没有记忆的分身（白板扬），避免让其脑部进行活跃，进而提取其脑部组织用于治疗；莉娜则提供了一个从监视罪犯的神经植入装置修改而来的设计，而这会把分身的存在暴露给奥联公司。无论哪种方案，都会有分身感到不满。莉娜的方案会导致麦克斯韦的参与暴露，他和卢卡斯会被解雇，并引来奥联公司首席运营官阿加莎（Agatha）介入。阿加莎透露麦克斯韦是一位声名狼藉的科学家，曾进行违反道德伦理的实验。卢卡斯后来坦白，他知道麦克斯韦的行为，但选择了保持沉默。

在引力异常被消除后，技术员扬无法忍受扬的选择，打晕了扬，并带着另外几个分身驾驶一辆载具离开基地。扬醒来时，发现基地在沙尘暴中移动，摇摇欲坠。绝望之下，他决定使用量子计算机操纵自己的记忆，使自己成为一个更好的领导者。在一片超现实的沙漠中，他遇到了一个陌生人，扬的潜意识的化身。陌生人说服扬接受自己，并揭示量子计算机之所以先救他而非其他船员，是因为它计算出扬完成任务的可能性最大。

重获信心后，扬提出通过追踪背叛的分身所乘坐的载具以离开沙尘暴。他在荒原中找到了载具的痕迹，并建造信标以呼叫救援。然而，信号被一个巨大的行星异常阻挡，这个异常便是最初的飞船坠毁的元凶。扬与科学家扬发现了一个与现实不在同一位面的树状结构，并建造装置将其引入现实，从而摧毁它并激活信标。麦克斯韦/阿加莎认为必须隐藏分身的存在，因此扬建造了一个假的巽气储存单元，让分身以冷冻休眠方式偷偷返回地球。扬可以选择在救援队到达前尝试与反叛的分身重聚，随后幸存者与巽气被带回地球。

结局根据玩家选择有所不同：
*如果扬支持自己的分身，他将把分身们带回地球，并让分身们逃脱，但自己将因多项罪行受审。
*如果选择了麦克斯韦的方案，麦克斯韦将使用巽气与分身进行存在道德伦理问题的实验，并暗示扬最好也成为实验对象。
*如果选择了阿加莎的方案，扬将被迫成为奥联公司巽气采集行动的公众形象代表。

无论是协助任一方，还是未能掌控救援船，都会导致分身被捕，命运未卜。

莉娜可能会重新与扬建立联系，也可能永久断绝关系。根据剧情走向，她可能得到晋升，或因协助扬而受审。

若卢卡斯帮助扬夺取救援船，他也将受审，但会因做了正确的事而心安。科学家可以留在行星上研究隐藏的绿洲，植物学家可以代替扬的身份，而扬则与幸存的分身销声匿迹。若任务中收集到足够的巽气，会有小型初创公司打破大公司的垄断，着手利用巽气解决地球的粮食短缺问题。

在所有结局中，扬都会收到来自“J”的加密信息。